「衛生証明書って、どこの国も同じ書類じゃないの？」と思ったまま進めると、仕向国の港で通関が止まる。水産物輸出では書類1枚の様式ミスが輸出停止に直結する。
- 仕向国によって様式（フォーム）と申請先が変わる理由
- EU・米国・豪州・東南アジア7ヵ国の具体的な要件の違い
- 申請から証明書受領までの所要期間とタイミング
衛生証明書とは何か、なぜ国ごとに書式が違うのか
衛生証明書（Health Certificate）とは、輸出する水産物が輸出国の衛生基準を満たしていることを、輸出国の政府機関が証明する公的文書だ。輸入国の税関・検疫当局が「この食品は安全か」を判断するための根拠書類として要求される。
仕向国が変わると、証明書に記載しなければならない項目が変わる。各国が自国の食品安全法規に基づいて「証明してほしい事項」を独自に定めているからだ。アメリカ向けの書式をそのままEUに使うことも、タイ向けの様式をオーストラリアに使うこともできない。仕向国ごとに専用の様式が存在する。
申請先は「3種類」に分かれる
日本から水産物を輸出する際、衛生証明書の申請先は大きく3か所に分かれる。どこに申請するかは、仕向国と品目の組み合わせで決まる。
- 都道府県の水産部局・衛生部局：基本の申請先。管轄施設が所在する都道府県に申請する
- 地方厚生局：都道府県に申請窓口が設置されていない地域が対象
- 農林水産省（輸出証明書オンラインシステム）：NACCSを通じたオンライン申請が可能な国・品目がある
農林水産省のウェブサイトに国別の申請先一覧が公開されているが、初めて輸出する場合は管轄の都道府県水産部局か水産庁に直接確認するのが確実だ。
※最新の申請先・様式は農林水産省「証明書や施設認定の申請」ページで必ず確認すること。
商工会議所が関与するケースもある
農水省・都道府県・地方厚生局が主な申請先だが、仕向国によっては日本商工会議所または各地域の商工会議所が衛生証明書の発行・認証に関与するケースがある。商工会議所が主に扱うのは原産地証明書（Certificate of Origin）だが、一部の国では政府機関発行の衛生証明書に加えて、商工会議所が認証する食品安全証明書を要求するケースもある。仕向国ごとに商工会議所の関与が必要かどうかが変わるため、農林水産省または仕向国のバイヤー・輸入当局に事前確認することを推奨する。
Bさんのケース：愛媛のハマチをEUへ、まず何を確認するか
愛媛でハマチの仕入れから加工・輸出を手がける食品輸出会社を経営するBさん（従業員10名）は、ドイツのバイヤーから引き合いを受けてEU向け輸出に初挑戦しようとしている。
「衛生証明書が必要とは聞いた。でもどの書式で、どこに申請して、何日前に動けばいいのかが全くわからない」という状況だ。Bさんはまず何を確認すればいいでしょうか。
仕向国別：様式・申請先・施設認定の違い（7ヵ国）
以下に主要な仕向国ごとの衛生証明書の概要を整理する。必ず最新情報を公式機関で確認してから手続きに入ること。
EU（欧州連合・英国・スイス・ノルウェー）
EUへの水産食品輸出は、日本の仕向先の中でも特に要件が厳しい。まず施設認定が必須だ。輸出に使う加工施設・冷蔵倉庫・加工船などは、あらかじめ農林水産省・地方厚生局・都道府県による「EU向け認定施設」の認定を受けなければならない。認定された施設はEU当局にリストとして通報される仕組みで、認定を受けていない施設で加工した水産物はEUに輸出できない。
加えて、HACCP（危害要因分析・重要管理点）に基づく衛生管理の実施が前提となる。EUの食品安全規則はHACCPを義務付けており、認定審査でその実施状況が確認される。衛生証明書の様式はEUが指定する専用フォームを使用し、申請先は農林水産省・地方厚生局・都道府県のいずれか（管轄による）。英国・スイス・ノルウェー向けはEU向けとは別の取扱要綱が定められている場合があるため、事前確認が必要だ。
アメリカ（米国）
米国向けでは、施設認定は義務ではないが、FDA（米国食品医薬品局）への施設登録が別途必要となる場合がある。この点がEUと大きく異なる。衛生証明書の様式は米国が指定する書式を使用し、申請先は農林水産省（北米向け窓口）または都道府県。米国向けはEU向けと比べて施設認定のハードルは低めだが、FSMA（食品安全強化法）への対応は別途確認が必要だ。
オーストラリア
オーストラリアへの輸出は施設認定が必須で、かつ輸出のたびに衛生証明書を取得する「都度申請」が求められる。様式は品目によって異なり、サケ科以外の水産食品には「別紙様式5-1」、加熱済みサケ科食品には「別紙様式5-2」が使用される（農林水産省の取扱要綱に基づく）。ハマチやカンパチなど一般的な水産食品は5-1様式が該当する。申請先は農林水産省または都道府県。
カナダ
カナダ向けも施設認定の仕組みがあり、衛生証明書はカナダ食品検査庁（CFIA）が指定する様式を使用する。申請先は農林水産省（北米窓口）または都道府県。日本とカナダの間ではCPTPP（環太平洋パートナーシップ協定）が発効しており、原産地証明書との組み合わせで関税優遇も活用できる。
タイ
タイ向けには衛生証明書に加えて、漁獲証明書・輸出申告書なども必要になる場合がある。タイ政府指定の様式を使用し、申請先は農林水産省（アジア向け窓口）または都道府県。タイはIUU漁業（違法・無報告・無規制漁業）対策として漁獲の適法性証明を求めるケースが増えており、魚種・漁獲方法の確認も重要だ。
ベトナム
ベトナムはNAFIQPM（ベトナム農業農村開発省 食品品質・農水産品安全局）が定める様式と独自の認定制度を持つ。施設認定の仕組みがあり、EUと同様に認定が輸出の前提条件となるケースがある。申請先は農林水産省（アジア向け窓口）または都道府県。
マレーシア
マレーシアは品目によって要件が大きく異なる点が特徴だ。活魚・えび・かに類には衛生証明書が必要になるが、冷凍・冷蔵の一般水産物については不要とされている場合がある（※2026年6月時点の情報）。ただし規制は変更されることがあるため、輸出前に農林水産省またはジェトロで最新情報を必ず確認すること。
申請から証明書受領までの手順とタイミング
Step 1：仕向国の要件を確認する
農林水産省の「証明書や施設認定の申請」ページで、仕向国に対応するページを探す。国ごとに必要な書類・様式・施設認定の有無が記載されている。わからない場合は管轄の都道府県水産部局か水産庁に電話で直接確認するのが最も確実だ。
Step 2：施設認定が必要かを確認する
EU・オーストラリア・ベトナム向けは施設認定が輸出の前提条件となる。施設認定は書類準備から審査まで数ヵ月かかることがあるため、輸出計画の立ち上げ段階で早めに着手する必要がある。バイヤーが決まってから動き始めると間に合わない。
Step 3：様式を入手して申請書類を準備する
農林水産省のウェブサイトから仕向国に対応する様式をダウンロードする。様式には英語で記入する項目が多い。品目名・原産地・漁獲方法・製造施設名・数量などを正確に記入する。不備があると修正依頼が入り、発行が遅れる。
Step 4：申請タイミングを逆算して申請する
申請のタイミングは品目によって異なる。
- 非加工品（生鮮・冷凍など）：通関予定日の2営業日前（午後4時まで）に申請
- 加工品：通関予定日の7営業日以上前に申請（確認作業が多く、書類修正が発生するケースもあるため余裕が必要）
適法漁獲等証明書（IUU漁業対策用）が必要な場合は、申請受付から約1週間の審査期間がかかる。船便の出港日から逆算してスケジュールを組むことが必須だ。
Step 5：オンライン申請システムを活用する
農林水産省の輸出証明書オンライン申請システム（NACCS連携）を使うと、一部の証明書はオンラインで申請・受領できる。窓口に出向く手間が省け、複数施設で申請を管理する場合も一元化しやすい。初回利用前に事前登録が必要なので、初めての輸出を検討し始めた段階で登録を済ませておくことを推奨する。
衛生証明書でよくある3つの落とし穴
落とし穴1：仕向国の様式を取り違える
「どこの国も同じ書類だろう」と思い込み、以前使った様式を別の仕向国に使い回すケースがある。EUとオーストラリアでは証明書の様式はもちろん、記載項目も根本から違う。輸出のたびに仕向国の最新様式を農林水産省のウェブサイトで確認する習慣をつけることが重要だ。
落とし穴2：施設認定が間に合わない
EU・オーストラリア・ベトナム向けでは施設認定がなければ衛生証明書が発行されない。「バイヤーが見つかった、来月輸出したい」と思っても、施設認定がなければ物理的に不可能だ。EU向けの施設認定は審査から当局通報まで数ヵ月かかることがある。輸出を検討し始めた段階で認定手続きを先行させること。
落とし穴3：申請が間に合わず船便を見送る
証明書が間に合わなければ、船便を1本見送るしかない。加工品は7営業日以上前の申請が必要で、書類に不備があればさらに時間がかかる。冷凍水産物は在庫保管コストも発生するため、スケジュール管理が利益に直結する問題だ。
まとめ
水産物の衛生証明書は「どこの国も同じ書類」ではない。仕向国ごとに様式が異なり、申請先も農林水産省・都道府県・地方厚生局（国によっては商工会議所も）に分かれる。EUとオーストラリアは施設認定が輸出の前提条件で、施設認定なしでは証明書は発行されない。
申請タイミングも、非加工品は2営業日前、加工品は7営業日以上前と決まっている。書類の不備や申請の遅れが、せっかくつながったバイヤーとの取引を止めてしまう。
仕向国が決まったら最初にやることは、その国の取扱要綱を農林水産省のウェブサイトで確認することだ。疑問があれば公式機関に直接問い合わせること。
今すぐ動ける3つのアクション
- 農林水産省「証明書や施設認定の申請」ページで仕向国を探し、必要書類の一覧を確認する
- EU・オーストラリア・ベトナム向けを検討している場合は、施設認定の申請フローを今日中に確認する
- 初めての仕向国への輸出は、管轄の都道府県水産部局か水産庁に電話して個別相談の予約を入れる
衛生証明書の申請手続きをどこから始めればいいかわからない場合は、あさひ通商の輸出書類代行サービスにご相談ください。
出典・参考資料
- 水産庁「水産物輸出に係る手続（施設認定、証明書等）について」
- 農林水産省「証明書や施設認定の申請」
- 農林水産省「欧州｜証明書や施設認定の申請」
- 農林水産省「アジア｜証明書や施設認定の申請」
- 農林水産省「EUに水産食品を輸出する際の手続きや証明書等を教えてほしい」
- 農林水産省「オーストラリア向け水産食品の輸出に必要な手続きを教えてほしい」
- 農林水産省「輸出証明書のオンライン申請手続」
- ジェトロ「水産物の輸入規制、輸入手続き（EU）」
- ジェトロ「水産物の輸入規制、輸入手続き（米国）」
- ジェトロ「水産物の輸入規制、輸入手続き（オーストラリア）」
- ジェトロ「水産物の輸入規制、輸入手続き（タイ）」
- ジェトロ「水産物の輸入規制、輸入手続き（マレーシア）」